设计引物要先对模板DNA测序吗?不测序的话又如何知道能设计出碱基互补的引物呢?

来源：学生作业帮编辑：作业帮分类：生物作业时间：2024/06/06 00:19:56

设计引物要先对模板DNA测序吗?不测序的话又如何知道能设计出碱基互补的引物呢?
设计引物是否就是对引物长度的设计?（因为模板是已经存在的,引物只能根据模板序列设计）

引物：引物是PCR特异性反应的关键,PCR 产物的特异性取决于引物与模板DNA互补的程度.理论上,只要知道任何一段模板DNA序列,就能按其设计互补的寡核苷酸链做引物,利用PCR就可将模板DNA在体外大量扩增.
但在设计引物时还应该遵循以下原则：
①引物长度： 15-30bp,常用为20bp左右.
②引物扩增跨度：以200-500bp为宜,特定条件下可扩增长至10kb的片段.
③引物碱基：G+C含量以40-60%为宜,G+C太少扩增效果不佳,G+C过多易出现非特异条带.ATGC最好随机分布,避免5个以上的嘌呤或嘧啶核苷酸的成串排列.
④避免引物内部出现二级结构,避免两条引物间互补,特别是3’端的互补,否则会形成引物二聚体,产生非特异的扩增条带.
⑤引物3’端的碱基,特别是最末及倒数第二个碱基,应严格要求配对,以避免因末端碱基不配对而导致PCR失败.
⑥引物中有或能加上合适的酶切位点,被扩增的靶序列最好有适宜的酶切位点,这对酶切分析或分子克隆很有好处.
⑦引物的特异性：引物应与核酸序列数据库的其它序列无明显同源性.

请问在PCR实验中,如果不知道模板DNA的核酸序列的情况下如何设计PCR引物? 不知序列的DNA模板PCR引物的设计 PCR引物设计中,引物上是否需要每个碱基都与模板链结合? 如何进行引物设计! 设计引物扩增模板基因,引物中至少要有多少个碱基与模板配对?16个可以吗如何在知道基因片段的情况下,设计引物? 如何设计引物超表达基因的全长引物? 如果要使用PCR扩增一段已知的DNA序列,要如何设计引物 2011年江苏高考卷的最后一题,他问一个同学设计了一对引物,该引物不合理是因为引物I和引物II局部发生碱基互补配对而失效如何设计巢氏PCR的第一对引物 PCR扩增目标基因,完全没有条带.是不是设计的引物太短?引物只有10个碱基和模板配对 RT-PCR的引物如何设计?