作业帮细菌16S rDNA 序列比对,
来源：学生作业帮 编辑：作业帮 分类：综合作业 时间：2024/05/09 14:33:00
细菌16S rDNA 序列比对,
菌种鉴定中,已测出待定菌种的16SrDNA序列.那么：
1、在NCBI上比对时,有三个属的多个已知菌种与新菌匹配率都95%以上,值最高的那个属其实真的在预料之外,而且文献中也没看到.那么可不可以把新菌鉴定为另一个属呢（也就是max ident相对低一点点,但文献中报道较多的那个?）
2、比对后的匹配率至少要达到多少才有说服力呢（确定为该属）?
3、在比对时,有的尽管匹配率（max ident）高,但匹配值（max score）小,或覆盖率（Query coverage）小.那么按照怎样的轻重顺序综合考虑这些关系呢?
菌种鉴定中,已测出待定菌种的16SrDNA序列.那么：
1、在NCBI上比对时,有三个属的多个已知菌种与新菌匹配率都95%以上,值最高的那个属其实真的在预料之外,而且文献中也没看到.那么可不可以把新菌鉴定为另一个属呢（也就是max ident相对低一点点,但文献中报道较多的那个?）
2、比对后的匹配率至少要达到多少才有说服力呢（确定为该属）?
3、在比对时,有的尽管匹配率（max ident）高,但匹配值（max score）小,或覆盖率（Query coverage）小.那么按照怎样的轻重顺序综合考虑这些关系呢?
这么说吧,NCBI是个乱七八糟的地方,很多序列是不可信的.
你只看匹配率就行了,其他不用管.
比如我分离得到的一个新的细菌,比对之后发现最相近的是是E.coli,但是其实相似度最高也不过92%,换句话说,我分离得到的这个细菌根本不是埃希菌属的,但是NCBI上提交序列的时候必须要求你填写属名,否则好多序列都是gen.sp.了,不成了废话了么?好吧,那写就写吧,写啥?我只能硬着头皮写我分离的这个菌是E.sp.
然后你也分离得到一株菌,和我的其实是一个属的,很相近,只不过这个属还没有建立起来,然后你上NCBI比对,就纠结了,怎么会是埃希菌呢?因为我写了埃希菌,所以你也变成埃希菌了.
情况就是这么个情况.
咋办?
有两个办法,一个是你谷歌搜索Eztaxon,进去第一个就是,那是个韩国人建立的个人网站,是对NBCI的序列进行了筛选,只留下IJSEM认可的,也就是国际公认的标准菌株的16s序列.这就比NCBI靠谱.但是毕竟是个人网站,难免有纰漏和更新不及时的问题.
所以有第二个办法,上http://www.taxonomicoutline.org ,这是地球上最权威的细菌和古菌分类白皮书,隔几年更新一次,对照它你看看NCBI和韩国人那个网站的比对结果有没有错误,缺少或者冗余的序列,修改、增加或者剔除.最后再比对.当然最好是构建系统发育树,比单纯的序列比对靠谱多了.
最后你就发现,天啊,怎么那么烦啊.悲剧的是,事实就是那么烦.
哦,对了,忘了说了,因为白皮书实在是太权威了,包括棒子那网站,更新比较慢,有些新近发表或者准备发表的文章的菌种还来不及收录,你还得上IJSEM的网站上去查最近发表的或者in press的文章有没有相关的序列.
其实这个活应该是要在上面的基础上构建系统发育树的,如果认真按照规范最好的话,起码得付万把块钱的工资,因为实在是太烦了.>_
你只看匹配率就行了,其他不用管.
比如我分离得到的一个新的细菌,比对之后发现最相近的是是E.coli,但是其实相似度最高也不过92%,换句话说,我分离得到的这个细菌根本不是埃希菌属的,但是NCBI上提交序列的时候必须要求你填写属名,否则好多序列都是gen.sp.了,不成了废话了么?好吧,那写就写吧,写啥?我只能硬着头皮写我分离的这个菌是E.sp.
然后你也分离得到一株菌,和我的其实是一个属的,很相近,只不过这个属还没有建立起来,然后你上NCBI比对,就纠结了,怎么会是埃希菌呢?因为我写了埃希菌,所以你也变成埃希菌了.
情况就是这么个情况.
咋办?
有两个办法,一个是你谷歌搜索Eztaxon,进去第一个就是,那是个韩国人建立的个人网站,是对NBCI的序列进行了筛选,只留下IJSEM认可的,也就是国际公认的标准菌株的16s序列.这就比NCBI靠谱.但是毕竟是个人网站,难免有纰漏和更新不及时的问题.
所以有第二个办法,上http://www.taxonomicoutline.org ,这是地球上最权威的细菌和古菌分类白皮书,隔几年更新一次,对照它你看看NCBI和韩国人那个网站的比对结果有没有错误,缺少或者冗余的序列,修改、增加或者剔除.最后再比对.当然最好是构建系统发育树,比单纯的序列比对靠谱多了.
最后你就发现,天啊,怎么那么烦啊.悲剧的是,事实就是那么烦.
哦,对了,忘了说了,因为白皮书实在是太权威了,包括棒子那网站,更新比较慢,有些新近发表或者准备发表的文章的菌种还来不及收录,你还得上IJSEM的网站上去查最近发表的或者in press的文章有没有相关的序列.
其实这个活应该是要在上面的基础上构建系统发育树的,如果认真按照规范最好的话,起码得付万把块钱的工资,因为实在是太烦了.>_
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