作业帮询问PCR退火温度设计
来源：学生作业帮 编辑：作业帮 分类：数学作业 时间：2024/05/18 01:14:36
询问PCR退火温度设计
引物单上数据如下
上游TTACAAGATGGAGCCTCACC（GC含量50%）
Tm（1M Na+）：68.2
Tm（50mM Na+）：46.6
下游CAAAGAATAACCCAGGACGA（GC含量45%）
Tm（1M Na+）：66.2
Tm（50mM Na+）：44.6
顺便问下大家,Tm（1M Na+）和Tm（50mM Na+）有什么区别啊?
引物单上数据如下
上游TTACAAGATGGAGCCTCACC（GC含量50%）
Tm（1M Na+）：68.2
Tm（50mM Na+）：46.6
下游CAAAGAATAACCCAGGACGA（GC含量45%）
Tm（1M Na+）：66.2
Tm（50mM Na+）：44.6
顺便问下大家,Tm（1M Na+）和Tm（50mM Na+）有什么区别啊?
TM值是在一定buffer盐浓度情况下计算出来的.你需要查一下你的PCR体系里buffer盐的浓度,然后找相应的TM值.不过TM值也是一个估算值,举个例子,以你的正向引物而说,TTACAAGATGGAGCCTCACC.在primer5计算得到TM是54.0,DNASTAR是49.1.所以这个数值仅供参考,最稳妥的做法是用梯度PCR仪从55-65做一个梯度PCR.
PCR能不能做出来最关键的因素有两个,第一,模板质量如何,第二,引物3'是否有错配,gc含量如何.如果错配不严重的话,采用无脑梯度pcr的方法总能找到一个合适的退火温度.
PCR能不能做出来最关键的因素有两个,第一,模板质量如何,第二,引物3'是否有错配,gc含量如何.如果错配不严重的话,采用无脑梯度pcr的方法总能找到一个合适的退火温度.