已知蛋白质N端序列,要想扩增其全基因,怎样设计引物?从5'端or3‘端

来源：学生作业帮编辑：作业帮分类：综合作业时间：2024/05/10 07:38:58

已知蛋白质N端序列,要想扩增其全基因,怎样设计引物?从5'端or3‘端
如果N端序列为TNTPE请问下上游引物应为ACN AAY ACN CCN GAR 还是TGNTTRTGNGGNCTY?

首先请上NCBI BLAST搜索之(blastp).或许可以直接查到你研究物种的基因序列.即使没有,有近缘物种的基因序列也是个好的参考,通过比对,选择序列保守区设计引物.
若搜索不到任何信息,就需要通过设计兼并引物.比如你的蛋白质N端序列为
MTAGSR...
上游引物即为5'-ATG NNN NNN ...-3'(参考那个密码子表,和兼并碱基的标法,吾手头没有,记不住额)
下游引物就得反过来,假设蛋白序列为 N-XX-C 其编码DNA为 5'-GAN GAN-3'
则下引物为 5'-NTC NTC-3'

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