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再设计引物时,添加酶切位点和标签后,正反两个引物相差20个碱基,但在添加前相差不大,

来源:学生作业帮 编辑:作业帮 分类:生物作业 时间:2024/05/18 20:41:46
再设计引物时,添加酶切位点和标签后,正反两个引物相差20个碱基,但在添加前相差不大,
标签是指的表达标签么?如果是表达标签的话,载体上没有么?通常表达标签不是通过引物引入的,而是载体本来带有的,这个需要确认一下.
另外,引物的使用主要是看Tm值的差异,如果设计后,两条引物的Tm值相差过大,是不能够使用的,因为在退火时,找不到合适的退火温度.因此不能简单通过长短进行判断,需要根据两条的Tm值比较.一般引物设计软件上都有,如果相差太大,没法用.
另外,引物的长度也是有一定的限制的,20-35的长度比较理想,过长和过短都会个扩增带来麻烦,限制相差就差了20个,感觉有条引物太长了.确认下,标签是不是一定要带在上面.
再问: 恩,表达载体上没有,Tm相差应该在什么范围内呢?
再答: 以前自己设计的时候,都是尽量控制在5C以内。不过有的时候确实很难满足要求,如果一端引物太长了,另一端的引物为了配合也要相应延长的。20个bp没法补过来。如果设计完,一条引物Tm值是70多,另一条只有40,PCR就得靠运气了。或者是买那种扩增能力和抗干扰能力都比较强的酶来做。 你看看现在软件上给出的评分怎么样。有时候还是得通过PCR才能判断引物到底合不合适。尤其这样要加入比较长的序列的。先试试看。