作业帮NCBI如何查蛋白质的结构域?比如我想搜索人类蛋白质中具有ABC结构域的蛋白,在structure里面输入什么?
来源：学生作业帮 编辑：作业帮 分类：综合作业 时间：2024/05/03 12:28:28
NCBI如何查蛋白质的结构域?比如我想搜索人类蛋白质中具有ABC结构域的蛋白,在structure里面输入什么?
真有叫ABC的结构域呀...
在structure里输入 ("ABC"[PDB Description]) AND "homo sapiens"[Organism] 试试看是不是你要的.
关键词比较多,最好用Advanced Search.
回复 沧海蓝天★：description 是对结构的描述信息,你说的ABC结构域,如果有的话,在description里面会有关键词“ABC”.PDB是存储蛋白质结构的数据库,也可用NCBI的conserved domain description 查询看有没有相应的记录,如果是查这个的话,记录结果会更多.查询的范围要靠慢慢了解去选择的.
如果有了某个结构域的结构数据,还可以用NCBI提供的VAST工具去做比对,看有没有相似的结构在数据库里存在,这类似序列比对工具BLAST.
在structure里输入 ("ABC"[PDB Description]) AND "homo sapiens"[Organism] 试试看是不是你要的.
关键词比较多,最好用Advanced Search.
回复 沧海蓝天★：description 是对结构的描述信息,你说的ABC结构域,如果有的话,在description里面会有关键词“ABC”.PDB是存储蛋白质结构的数据库,也可用NCBI的conserved domain description 查询看有没有相应的记录,如果是查这个的话,记录结果会更多.查询的范围要靠慢慢了解去选择的.
如果有了某个结构域的结构数据,还可以用NCBI提供的VAST工具去做比对,看有没有相似的结构在数据库里存在,这类似序列比对工具BLAST.
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