DNAman多条蛋白序列比对之后如何去掉gap

正链和反链不就是互补的吗,为什么你还要测两条链?似乎没有必要把,只要测定一条链就OK了.把测出来的序列,粘贴到在NCBI上BLAST序列输入框中blast一下,得到比对的结果里头如果有完全配对的,看看

你可以看软件中help.简单说,将测序的序列打开,找到你翻译的atg起始,到终止密码子,copy到新的空白文档.load该文档到channel,点击protein一栏中的translation.就有啦

ncbi主页进入blast进入nucleotideblast将序列粘入窗口中选择nucleotidecllection（nr/nt）选项进行比对就可以了出来的序列相似性最高的就是你的目的序列再问：这一

觉得可能是theproteincoveragesummazer(pcs),这个我没有用过……

根据密码子逆向推出RNA序列.再根据碱基互补配对原理推出DNA序列.这里你会发现一个氨基酸对应多个密码子,但是这几个密码子前两个氨基酸大多是相同的,在考虑物种的密码子偏爱性,设计一组引物（所有可能的d

去NCBI网站,点ORFfinder,把你想查的DNA序列输进去,它会帮你分析这段序列中可能含有的读码框并给出相应的蛋白序列.

生物信息学的研究重点主要体现在基因组学和蛋白质学两方面,具体地说就是从核酸和蛋白质序列出发,分析序列中表达结构和功能的生物信息.生物信息学的基本任务是对各种生物分析序列进行分析,也就是研究新的计算机方

你在用DNAMAN的多序列比对时,在弹出的对话框中可能没有选择“尝试使用双链”吧?包括编码链和非编码连的比对,你测序得到的目的片段可能是非编码链（即你目的基因的编码链的互补序列）,而NCBI中提交的序

你所做的工作应该是寻找某个物种中的某一个基因在其它物种中的同源基因（ortholog）然后再做进化树那种吧.进行多序列比对有许多软件都可以做到,DNAman我用的比较多的是alignment而不是mu

核酸序列保守性可以通过UCSC-blat功能或者ncbi-blast功能,前者可以连接到UNIPROT数据库相应蛋白.

不一定要用dnaman呀,到ncbi上面sequenceanalysis的orffinder就可以了,dnastart等一堆工具也可以用的.

百度EZTaxon,进去之后注册,登录,左边IdentifyStep1在空白处按照如下格式输入>序列名称（自己写,能认识就行）序列（测序结果,只含ATCG）如：>E.coliATCGATCG...St

如果你已知一些基因的序列,可以用DNAMAN比对,如果不知道,就要从NCBI上查.

同种属同一基因相似性99%以上,只有个别密码子第三位突变,需要翻译为蛋白序列比对,相同即为同一基因..

这么说吧,NCBI是个乱七八糟的地方,很多序列是不可信的.你只看匹配率就行了,其他不用管.比如我分离得到的一个新的细菌,比对之后发现最相近的是是E.coli,但是其实相似度最高也不过92%,换句话说,

每一种氨基酸都有对应的密码子根据碱基互补配对原则写出信使RNA的核苷酸排列顺序再根据碱基互补配对原则写出DNA的其中一条模板链再用碱基互补配对原则就可以写出DNA的另一条链了

你这匹配一致性都算不上高的,当然我也不知道你匹配的是什么了.覆盖率高但一致性低,说明两个序列本身的一致性就很低,进化亲缘性远覆盖率低但一致性高的话,可能在进化上还是有一定亲缘性的,只是某个片段存在较多

可以用好多软件啊,像DNAman之类的好多啊.

找近缘种,越近越好,的那个基因都下下来ncbi或软件都可以比对,找高度保守区具体操作为,蛋白序列和DNA序列都下,从连着7-8个蛋白保守区处比着DNA设计引物,如果有四个是G,两个是A就选G,要是一半

是绿色荧光蛋白吗?是的话,去NCBI搜索GFP,选择Neucleotide,一般是前两个,你在那堆数据中找CDS（codingsequence）就可以了