作业帮一段DNA序列设计的上游引物和下游引物
来源：学生作业帮助网 编辑：作业帮 时间：2024/05/16 14:40:01
一般未知的序列旁边都有已知的一段吧,就是你说的“修饰片段”?PCR这种flankingsequence可以有很多方法,比如TAIL-PCR,用ADprimer（简并引物）和特异性引物就可以得到目标片段
从NCBI中下载基因的序列,再用DNASTAR进行比对,那是保守区域!
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/194473617?report=genbank
我很奇怪,你写的序列怎么没有方向呢?哪端是3’端?哪端是5’端?如果开头那个部分是5’端的话,你的一对引物的序列分别为：5’—gaatgtacgtgccgc—3'5'—actagctacaatcc—3
FPrimer:5'-TTGTAAAAAAATTAAATTAA-3'RPrimer:5'-CATATTTTAATTAATATTTC-3'你这个序列AT含量太高,尤其是5'端A有7个连续重复,引物本身很
上游：5ggaattcatgtttagtttgaaaaaaac3下游：5gggttcgaattagacattgccaacatatt3你要的并不是鉴定引物,而是扩增引物根本不用软件
把这段基因输入设计软件里,调节引物位置,使变性温度在94度,退火温度=Tm-（5到10度）延伸温度72度左右,满足这些条件基本就可以了,当然还要根据实际情况多次实验得到最佳引物.如果你要扩增整个的基因
好像用这个软件设计引物的很少吧,我一般都用PrimerPremier5,或者oligo7.这种专业软件很多专业论坛都有说明书下载,比如生物秀、丁香通、生物谷什么的.
引物设计原则：1、长度：15—30bp,其有效长度[Ln=2(G十C)十(A十T)]一般不大于38,否则PCR的最适延伸温度会超过Taq酶的最佳作用温度(74度),从而降低产物的特异性.2、G十c含量
前提：你的这条序列是5‘--3’的吧正向引物5‘--3’：TGCAACTACGTCCAC反向引物5‘--3’：TCGGACAAGACGTGC再问：能说说为什么吗？再答：DNA是双链的，引物结合于一条链
如果该ATG是翻译起始位点,就没有蛋白翻译了.如果是inframe编码,就会少一个氨基酸再问：少了一个蛋氨酸，我的蛋白就是残缺肽了。。。那样子做相互作用会有影响吗？如果有结果了，实验数据可靠不？再答：
如果你用来PCR的模板是DNA,那么设计引物的时候不需要考虑编码非编码.考虑外显子内含子是在你的模板是cDNA的情况下,也就是转录剪切过了,这个时候cDNA里没有内含子了,那么设计引物就要避开内含子.
这问题都上百度知道来问了,你也是生物专业的研究生吧.PrimerPremier5这个软件设计引物用很不错的.
上游引物：GAATTCacgcgcaagattagg（后面可以继续加几个碱基,用PRIMER5.0看一下,引物设计多少个碱基合适,每个基因序列不同.我用TOYOBO的KODPLUS的话,就一般引物设计
5':CGGAATTCACGCGCAAGATTAGGTGGGG3':CGGGATCCCCTTGGGAAGAAAAAGCAAG引物组成为：保护碱基+酶切位点+目的基因末端序列.由于你要扩增全部这段序列,
直接设计只要包含了整个CDS区就可以再问：哦，那CDS和ORF是一样的吗，怎么查找基因的CDS区啊再答：恩差不多回事ORF是DNA上的CDS是mRNA上的看你模板用的是基因组DNA还是cDNA了反正就
当然是dna的啦,引物的设计有很多需要注意的地方哦,不然怎么有primer5、oligo7之类设计引物软件呢.
一般来说,RT-PCR的时候很多情况下会不知道模板DNA的序列,可以在Genbank中寻找和你要扩增的物种的亲缘关系较近的物种的同源基因,多找几种,用DNAMAN或其他软件可以比对它们的序列,这样可以