NCBI选择数据库我的测序结果在NCBI上比对后,Database选择Nucleotide collection(nr/

来源：学生作业帮编辑：作业帮分类：综合作业时间：2024/05/10 15:23:33

NCBI选择数据库
我的测序结果在NCBI上比对后,Database选择Nucleotide collection(nr/nt)数据库时,相似度达到100%的有好几十种．
选择NCBI genomes(chromosome)时,相似度100%的就只有几种.
是什么原因,这两种数据库有什么不同,应该以哪个为准呢.
我测的片段只有 200bp,有没有关系的?

原理很简单后者是前者的子集.chromosome只包含所有已经测序的基因组数据.估计你的序列可能只是在高等生物中保守,所以才会出现选择chromosome数据库时相似数量下降非常多.
在做BLAST的时候,我们通常需要根据不同的目的选择不同的数据库.例如,要看一下测的序列是不是子集所期望的序列,以及,那nr数据库是最好的选择.至于以谁为准,因需要解决的问题而异.读一下blast每个数据库的定义,对于你选择数据库最有帮助.有一个基本原则是：nr数据库可以满足绝大多数的需求.少数特殊需求可以通过其他数据库完成,例如最近30天内的更新序列,搜索新基因这是必查的；题目中的chromosome数据库是只包含了全基因组或全染色体的数据.详参NCBI Blast说明.

NCBI选择数据库我的测序结果在NCBI上比对后,Database选择Nucleotide collection(nr/ 关于DNA序列在NCBI上比对的问题怎么在NCBI上比对其他基因? 动物dna序列为什么在ncbi上比对完和植物的该基因相似我把在NCBI上比对结果为99%的序列,拿来和我的序列再用DNAMAN比对一下,发现相似度只有30%了,为什么呢? NCBI中双序列比对BLAST结果相关问题在NCBI上查找基因. 关于已知DNA序列在NCBI上比对并鉴定菌种 ncbi上的基因序列是编码链还是模板链呢?如果通过基因名选择,出来是一个反向的序列,对引物设计有无影响? NCBI上的STS是什么意思 ncbi上的blast序列比对工具怎么使用,求具体操作指南. NCBI上对序列的描述中olrim是什么意思?