求perl的统计程序,统计病毒序列中的ATCG总数,以及各个核苷酸所占比例【病毒DNA中有四种核苷酸,即ACTG】

来源：学生作业帮编辑：作业帮分类：综合作业时间：2024/05/16 11:44:04

求perl的统计程序,统计病毒序列中的ATCG总数,以及各个核苷酸所占比例【病毒DNA中有四种核苷酸,即ACTG】
我有从网站下载的源文件HA.fa,并且从中提取了时间和病毒序列放置到excel表格中了,时间和病毒序列对应分开了.

你是指,直接从fa文件里面提取计算,还是从excel啊?
fa比较容易
再问：能直接从.fa里提取也好，结果是前边是时间，后边是ATCG的总数和各自所占比例，分数表示。以一个txt的文件输出结果
再答：不知道你的时间指什么恐怕明天才有时间帮你了
再问：能否加你QQ，我的491615964，真心求助！
再答： #!/usr/bin/perl # Date: 2011-11-21 15:27:35 # 按下面测试下吧，最后那个hash具备了所有统计能力，你需要具体什么格式，说明了，再输出 use strict; use warnings; use Data::Dumper; open FH, "chr9.fa" || die $!; my %seqHash = (); my $curSeq; while () { next if /^\s*$/; chomp; if (/^>/) { $curSeq = $_; $seqHash{$curSeq} = ""; }else { $_ = uc($_); $seqHash{$curSeq} .= $_; } } close FH; print Dumper %seqHash; my %numHash = (); while(my($key, $value) = each %seqHash) { $numHash{$key}->{"A"} = $value=~s/A//g; $numHash{$key}->{"T"} = $value=~s/T//g; $numHash{$key}->{"C"} = $value=~s/C//g; $numHash{$key}->{"G"} = $value=~s/G//g; print $value."\n"; } print Dumper %numHash;

求perl的统计程序,统计病毒序列中的ATCG总数,以及各个核苷酸所占比例【病毒DNA中有四种核苷酸,即ACTG】 RNA病毒逆转录后的DNA转录出的mRNA,与自身的核苷酸序列相同?为什么? 病毒一个DNA或RNA分子只有一条核苷酸链? 怎样计算核苷酸的频率给定一条DNA序列TCGCTCGTGGCCATG,分别计算核苷酸C和G的出现频率,以及两联核苷酸CG 原核细胞、真核细胞中所含碱基、核苷酸的种类；病毒体内碱基、核苷酸的种类,请尽量分一下类, 遗传信息指的是DNA分子中的还是基因中的核苷酸序列? 噬菌体、大豆、SARS病毒中所含有的碱基和核苷酸的种类是病毒的复制是利用自身的核苷酸病毒的遗传物质由几种核苷酸组成? 以DNA或RNA为遗传物质的病毒,体内的碱基种类及核苷酸种类分别是多少? 1、艾滋病病毒的核酸有几种?核糖有几种?核苷酸有几种?含有碱基A的核苷酸有几种? 做题时发现H1N1病毒的遗传物质是核糖核苷酸,为什么是核糖核苷酸啊?