作业帮内生真菌分子鉴定,its1 its4引物序列
来源：学生作业帮 编辑：作业帮 分类：综合作业 时间：2024/04/28 22:52:03
内生真菌分子鉴定,its1 its4引物序列
我要做内生菌分子鉴定,DNA已经提出来了,下面怎么做,PCR要用的引物是是its1 its4吧?分别碱基序列是什么,还有P时候的条件设置,P完后可以直接送去测序吗,还是有其他步骤?我打听到的众说纷纭,有点乱.问题较多,请大侠给予准确解答啊~~~
我要做内生菌分子鉴定,DNA已经提出来了,下面怎么做,PCR要用的引物是是its1 its4吧?分别碱基序列是什么,还有P时候的条件设置,P完后可以直接送去测序吗,还是有其他步骤?我打听到的众说纷纭,有点乱.问题较多,请大侠给予准确解答啊~~~
可以用ITS1跟4,这个引物是通用引物,你在生工或者其他公司合成时对方应该是有现货的,不提供序列也可以的.如果实在需要,在网上随便查查吧,挺容易找到的.条件设置就按照常规的就行,这对引物还是很皮实的,一般都能扩出来,开始可以试一下95 3min,95 30s,55 40s,72 1min,72 10min,再根据具体情况稍微微调一下就行.你做内生菌建议你用ITS1f-ITS4f引物对,就是真菌特异ITS1-4引物对,可能效果更好一些,能一定程度上排除宿主本身DNA的干扰.
再问： 你说的一对F引物，序列分别是多少呀呵呵，我以为他们试剂厂会知道呢，说让自己提供。。。
再答： 1f是tccgtaggtgaacctgcgg 4f是tcctccgcttattgatatgc ITS1和4你自己找找吧 查查文献 这些都是有的 也很好查，你回头p的时候可以1-4；1f-4；1f-4f；1-4f几个组合同时做做预实验，看看哪组的效果最好，这个对不同菌群适用性是不一样的。
再问： 你说的是1和4的序列吧。。。这个我有，这不是F的序列。。。
再答： 哦 弄错了 1f的是CTTG GTCA TTTA GACG AAGTAA；4f是GCATATCAATAAGCGGAGGA。 Phylogeny of Tetillidae (Porifera, Demospongiae, Spirophorida) based on three molecular markers。这篇文献里面有4f引物的出处，1f的文献很多，自己找找吧。对了，别找中文的，之前给你发的那个错的就是图省事直接找的一个中文的，现在中文文献太不靠谱了，坚决不能看。
再问： ��ã��Ұ�����˵�����������PCR����ɺ��ܵ�Ӿ�����marker��ʾ����Լ��100��һ�㣬������������Ҫ��Ŀ��Ƭ����
再答： 不是的 正常的ITS片段应该是500-700左右的，这个可能是非特异性扩增或者是引物二聚体 你可以试着调高退火温度 或者降低引物浓度 或者降低体系Mg2+浓度再试试 ITS系列应该是很容易扩出来的 要不你先随便找个什么青霉曲霉的P着试试 如果出不来那就可能是你前面某步操作出问题了
再问： 你说的一对F引物，序列分别是多少呀呵呵，我以为他们试剂厂会知道呢，说让自己提供。。。
再答： 1f是tccgtaggtgaacctgcgg 4f是tcctccgcttattgatatgc ITS1和4你自己找找吧 查查文献 这些都是有的 也很好查，你回头p的时候可以1-4；1f-4；1f-4f；1-4f几个组合同时做做预实验，看看哪组的效果最好，这个对不同菌群适用性是不一样的。
再问： 你说的是1和4的序列吧。。。这个我有，这不是F的序列。。。
再答： 哦 弄错了 1f的是CTTG GTCA TTTA GACG AAGTAA；4f是GCATATCAATAAGCGGAGGA。 Phylogeny of Tetillidae (Porifera, Demospongiae, Spirophorida) based on three molecular markers。这篇文献里面有4f引物的出处，1f的文献很多，自己找找吧。对了，别找中文的，之前给你发的那个错的就是图省事直接找的一个中文的，现在中文文献太不靠谱了，坚决不能看。
再问： ��ã��Ұ�����˵�����������PCR����ɺ��ܵ�Ӿ�����marker��ʾ����Լ��100��һ�㣬������������Ҫ��Ŀ��Ƭ����
再答： 不是的 正常的ITS片段应该是500-700左右的，这个可能是非特异性扩增或者是引物二聚体 你可以试着调高退火温度 或者降低引物浓度 或者降低体系Mg2+浓度再试试 ITS系列应该是很容易扩出来的 要不你先随便找个什么青霉曲霉的P着试试 如果出不来那就可能是你前面某步操作出问题了