求助保守序列查找,引物设计
来源:学生作业帮 编辑:作业帮 分类:综合作业 时间:2024/05/11 19:13:36
求助保守序列查找,引物设计
最近老师给了一个基因,只知道名称,让我们自己摸索,设计引物,做克隆.菜鸟一只,完全不知怎么做,希望有前辈帮帮忙,给个指导,
最近老师给了一个基因,只知道名称,让我们自己摸索,设计引物,做克隆.菜鸟一只,完全不知怎么做,希望有前辈帮帮忙,给个指导,
如果:你研究的物种没有这个基因,就可以按下面步骤做.
1:把你的基因名称粘贴在NCBI的蛋白质数据库中,进行搜索(这个比核酸数据库更保守一些)
2:根据搜索到的结果,看下面列出的信息,有没有和你研究物种是近缘的(从分类上说的)
3:下载10-20条左右的氨基酸序列(片段长度最好差不多、下载最好分布多个近缘物种)
4:保存成FASTA格式,用MEGA软件(或其他可对比软件),进行比对
5:根据比对结果,找到保守序列(例如MEGA的显示是小星号,这个自己看一下软件就OK啦)
6:根据保守序列,按照简并引物设计原则,设计成对引物.(这个要学习一下如何从氨基酸翻译成核苷酸)
7:将序列给公司,进行合成.
8:回来,进行普通PCR扩增,如果有目的条带,则进行割胶回收,连接载体,克隆,测序
9:将测序结果进行BLASTX比对,看扩增的是否是你的基因,可用于全长扩增等后续实验
如果:你研究的物种有这个基因,就直接根据数据库中的序列设计引物就行啦.
1:把你的基因名称粘贴在NCBI的蛋白质数据库中,进行搜索(这个比核酸数据库更保守一些)
2:根据搜索到的结果,看下面列出的信息,有没有和你研究物种是近缘的(从分类上说的)
3:下载10-20条左右的氨基酸序列(片段长度最好差不多、下载最好分布多个近缘物种)
4:保存成FASTA格式,用MEGA软件(或其他可对比软件),进行比对
5:根据比对结果,找到保守序列(例如MEGA的显示是小星号,这个自己看一下软件就OK啦)
6:根据保守序列,按照简并引物设计原则,设计成对引物.(这个要学习一下如何从氨基酸翻译成核苷酸)
7:将序列给公司,进行合成.
8:回来,进行普通PCR扩增,如果有目的条带,则进行割胶回收,连接载体,克隆,测序
9:将测序结果进行BLASTX比对,看扩增的是否是你的基因,可用于全长扩增等后续实验
如果:你研究的物种有这个基因,就直接根据数据库中的序列设计引物就行啦.
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