16SrDNA测序后在ncbi上比对

来源：学生作业帮编辑：作业帮分类：综合作业时间：2024/05/11 13:06:23

16SrDNA测序后在ncbi上比对
细菌鉴定,16SrDNApcr扩增测序之后用blast比对,出来一个相似度99%的菌种,怎样体现数据库也是用16SrDNA序列跟我做的序列匹配的呢?
换句话说,我想知道这99%相似度是不是我做的的16SrDNA跟数据库的16srdna比对的结果

是的.
99%就基本可以认为是同一种菌.
不过我问一下你是不是做了TA克隆获得了16srDNA全长序列.
你之前也问过这个问题,我跟你说了不是直接上NCBI上比对的,NCBI上的序列是人人都可以上传的,你比对出来和某个序列99%相似,可能这条最相似的序列并没有被正式承认,也就是没有被正式学术资格的.你可以打开NCBI序列的详细信息,里面有标示是否unpublished,标有unpublished就说明是没有被认可的,这种对比结果你是不能采用的,因为对比的对象都是不可信的.
比如我今天做了一个菌,发现和大肠杆菌的最相似,相似度是97%,然后我上传了这个序列,名称当然只能写大肠杆菌,但是到底是不是还有待鉴定,然后明天你也做了同一种菌,然后对比,发现和我的相似度是99%,那你说你做的菌也大肠杆菌?显然是没有道理的.
你可以用NCBI比对,但是你必须要看序列是不是unpublished的
所以有韩国人为了方便就自己建立了一个二级数据库,剔除了NCBI中unpublished的序列,你搜索Eztaxon就能搜到.

关于DNA序列在NCBI上比对的问题怎么在NCBI上比对其他基因? NCBI选择数据库我的测序结果在NCBI上比对后,Database选择Nucleotide collection(nr/ 关于已知DNA序列在NCBI上比对并鉴定菌种动物dna序列为什么在ncbi上比对完和植物的该基因相似在NCBI上查找基因. ncbi上的blast序列比对工具怎么使用,求具体操作指南. 细菌现在已经16SrDNA鉴定到了属,其中有几个的比对的同源性100%.其他的我需要鉴定到种怎么办?呵呵如何在NCBI中进行基因序列比对,比如小鼠p53基因与人类p53基因的比对怎么在NCBI上搜索基因如何在NCBI上注册一个基因我把在NCBI上比对结果为99%的序列,拿来和我的序列再用DNAMAN比对一下,发现相似度只有30%了,为什么呢?