怎么用bioedit在基因组序列中找出已知序列的序列相似

来源：学生作业帮编辑：作业帮分类：综合作业时间：2024/05/29 11:15:37

怎么用bioedit在基因组序列中找出已知序列的序列相似
最近在做实验,需要用到生物信息学软件,但不知怎么用,望高手指教..具体是对实验室中的一种菌进行了基因组测序,得到很多Contig,现有另一种菌的一个基因序列,怎么利用bioedit软件在基因组序列中找出与这个基因序列相似性较高的Contig,不胜感激!

Bioedit提供了本地blast工具（菜单里的local blast 功能）,如图一.
你需要把基因组数据做成本地数据库,使用菜单里的create a local nucleotide database file功能建立本地DNA数据库,建库的原始数据需要做成fasta格式的,建成的数据库存放在...\bioedit\database文件夹里.
然后用另一种菌的基因序列和基因组本地数据库做blastn或者tblastx（图二）,就能找到与这个基因序列相似性较高的contig了.

我的bioedit版本较低,估计也能参考吧.
也可以直接从NCBI下载本地blast相关程序,使用dos命令行操作.

基因组DNA序列的分类已知一个小鼠的基因完整序列和CDS序列,请问如何查找这个序列在水稻中的同源基因序列怎么用NCBI查询FeSOD的蛋白质序列、氨基酸序列和核苷酸序列呢? 为何在T4噬菌体中,各病毒粒子的基因组DNA序列不同? 如何在NCBI中搜索乙肝病毒八种亚型的全基因组序列请问烟草的全基因组序列是不是都知道了,应该怎么查具体一个基因的序列呢? 已知二叉树的后序遍历序列和中序遍历序列,怎样求其前序遍历序列! 已知二叉树后序遍历序列是dabec,中序遍历序列是debac,它的前序遍因序列是多少已知二叉树后序遍历序列是dabec,中序遍历序列是debac,它的前序遍历序列是什么? 请问,已知蛋白序列的GI号,怎样在NCBI中查找对应蛋白的序列啊? 已知一颗二叉树的先序序列与中序序列,请画出此二叉树：先序序列：ABCDEFGHIJ；中序序列：CBEDAGHFJI 已知一棵二叉树的中序序列和后序序列,请画出该二叉树中序序列 DIGJLKBAECHF 后序序列 ILKJGDBEHFC