相隔1Kb的两个酶切位点在进行双酶切时会破坏彼此的酶切位点吗?如果会,有没有避免的方法?

来源：学生作业帮编辑：作业帮分类：综合作业时间：2024/05/28 06:05:34

这个距离隔得算是还可以啊,一般一个酶的作用位点才4-6个碱基,1000个碱基还相互干扰的比较少.如果特别担心,可以换成两次单酶切,先切A,稍微过下柱子,再切B,如果没有问题,反过来用B先切,过柱后再切A.如果两种都没问题,可能要考虑是不是两种酶一起双酶切的时候,buffer或者温度选的不合适,或者是其中一个酶产生了星号活性,有非特异切割,导致你目前碰到的问题.
如果上述都没问题,那么说明AB两个酶一起双切是不应该有问题.如果发现找不到合适的通用buffer,最后就还是只能分开切了.
再问：您好！谢谢您的细心解答！现在的情况是这样的：我用A和B分别单酶切都可以切动，但进行双酶切时（先A后B，先B后A）结果却与单酶切结果相同，即只有一个酶切位点切动了。后来也做了先用一种酶切，然后酚氯仿抽提，无水乙醇沉淀，回收后再用另一种酶切，结果还是与单酶切一样（此过程为了保证酶切效果都是分别用了两种酶自己的buffer）。我想问问这是什么情况呢？谢谢！
再答：需要和厂家联系查询，看这两种酶会不会有非特异切割的问题，因为厂家对酶的特性会更了解，可以帮助你分析目前的模板序列，两种酶分别识别和切割的情况是否会产生干扰。另外，纯化DNA可以找一点DNA clean up试剂盒试试，看是否能改善效果。

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